El contexto geológico del área queda definido por el afloramiento del conjunto de litologías que constituyen el denominado Complejo Urgoniano ( RAT, 1959 ), cuya sedimentación abarca los pisos Aptiense y Albiense del Cretácico superior ( GARCIA MONDEJAR y PASCAL, 1978 ).
Este complejo, se organiza en un total de cinco dominios, designados con la inicial de un municipio representativo ( en nuestra área, " V " de Valnera ), organizados, a su vez, en cuatro grandes secuencias deposicionales, numeradas sucesivamente desde 1 hasta cuatro ( GARCIA MONDEJAR y PUJALTE, 1981 ).
Toda la cavidad se desarrolla en el seno de una alternancia rítmica de calizas arcillosas y margas, con algunas intercalaciones de pequeños bancos de arenisca de edad Aptiense superior (Gargasiensa-Clansayense ), correspondientes a la unidad V3.
Constituyen un conjunto litológico homogéneo, mediante el apilamiento de bancos de hábito tabular, de 0.10 a 0.40 metros de espesor medio. Las intercalaciones areniscosas son generalmente delgadas, de unos 0.10 a 0.20 metros de espesor.
Aparecen fuertemente estructuradas según una densa red de diaclasado según direcciones E - W, N - S y NW - SE, de forma que la distancia entre fracturas es generalmente inferior a los 40 centímetros. La serie sedimentaria aparece plegada, unos 15º hacia el Sur.
Este conjunto litológico aflora en la vertiente Sur del Macizo de Peña Busta ( 723 m.s.n.m. ), de forma que constituye ambas vertientes y fondo del valle del río Gándara en todo el entorno de Incedo.
Desde un punto de vista geomorfológico, la cavidad se localiza en la margen derecha del valle del río Gándara, que en esta zona, presenta una dirección N - S y unas vertientes muy pronunciadas, con un marcado perfil en V, al menos, por debajo de la cota 500.
El talweg del río es ancho y de fondo plano, estando parcialmente recubierto por depósitos de barras centrales y laterales de gravas, entre las que se reconoce el substrato rocoso, bien sea formando lanchas planas, o desarrollándose amplias marmitas. Esto implica un encajamiento actual y activo de la red de drenaje.
Por encima de la cota 500, la pendiente de las vertientes se suaviza de forma desigual, de forma que se distinguen una serie de rellanos, de pendiente reducida a distintas alturas. En estos rellanos, no han sido reconocidos depósitos cuaternarios, implicando, eso sí, el desarrollo de potentes mantos de alteración.
Estos rellanos se han interpretado, o así lo hace el meningítico del comepiedras que tenemos en el grupo, como antiguos niveles de erosión, muy ligados al desarrollo de fondos aluviales.
Por último, cabe destacar la existencia de importantes deslizamientos y desprendimientos translacionales en las laderas, así como abarrancamientos. En general, a lo largo de las laderas, la red de drenaje está incisa, constituyendo torrenteras rectilíneas, de frecuente control estructural. Su funcionamiento es esporádico.
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